Nybøllegaard har været ejet af flere af Danmarks store adelsslægter bl.a. Rosenkrantz og Bille.
Nybøllegaard har hørt under både Arreskov og Fjællebro gods.
Hovedbygningen på Nybøllegaard er opført i 1856-1858.
Hovedbygning
Nybøllegaards hovedbygning er opført i årene 1856-1858 i en fløj i en etage over en høj kælder. Bygningen er opført med en gennemgående frontspids samt kamtakkede gavle og rødt tegltag. Den hvidpudsede hovedbygning placerer sig nord for haven. Nord for hovedbygningen findes en åben gårdsplads.
Fredningsstatus 2013: Hovedbygningen er ikke fredet.
Andre bygninger
De hvidpudsede avlsbygninger på Nybøllegaard er opført i grundmur og træ med fast tag efter en brand i 1921. En enkelt avlslænge placerer sig vest for hovedbygningen, mens de øvrige bygninger placerer sig nord for hovedbygningen. De placerer sig bl.a. på de tre øvrige sider af den gårdsplads, som også hovedbygningen placerer sig ved.
Fredningsstatus 2013: Avlsbygningerne er ikke fredede.
Ejerhistorie
Herregården Nybøllegaard har eksisteret siden slutningen af 1500-tallet, hvor gården var ejet af Laurids Brockenhuus. Ved sin mors død i 1625 overtog Laurids Brockenhuus' datter, Rigborg Brockenhuus, gården, hvor hun boede til sin død i 1641. Rigborg Brockenhuus er kendt i historien som den 'ulykkelige Rigborg', der fødte en uægte søn og som straf måtte sidde fem år i husarrest på Egeskov. Senere bosatte hun sig på Nybøllegaard, hvor hun døde i 1641.
Sønnen, der blev anerkendt som adelig, var da allerede død, men Nybøllegaard kunne overtages af børnebørnene Ludvig Rosenkrantz og Maximillian Rosenkrantz. De solgte i 1647 gården videre til Anders Bille. Anders Bille var rigsmarsk, og ved hans død i 1657 overgik Nybøllegaard til hans enke, Mette Rosenkrantz.
I 1682 afhændede Mette Rosenkrantz Nybøllegaard til sin svigerinde Pernille Bille, som var enke efter Børge Trolle. Pernille Bille kom imidlertid kun til at besidde Nybøllegaard i en kort periode, for i 1684 solgte hun gården til sin nevø, Anders Eriksen Bille. Også Anders Eriksen Bille kom til at besidde Nybøllegaard i en begrænset periode, og året efter sin overtagelse solgte han Nybøllegaard til Peder Luxdorph, som beholdt gården indtil 1699.
Nybøllegaards næste ejer var Peder Jørgensen Møller, som var forpagter på Brahetrolleborg. Modsat Nybøllegaards tidligere ejere havde Peder Jørgensen Møller overtaget gården uden fæstegårde. I 1705 overdrog Peder Jørgensen Møller Nybøllegaard til sønnen, Clemens Jørgensen Møller, som beholdt gården til sin død i 1715, hvorefter Nybøllegaard blev solgt på auktion til Erik Skeel.
Erik Skeel var etatsråd og ejede i forvejen Arreskov. Nybøllegaard forblev under Arreskov gods, indtil Erik Skeel von Holsten i 1766 solgte gården til Frederik Christian Ludvig von Pentz, som var godsejer på Fjællebro. Nybøllegaard hørte i den følgende periode under Fjællebro, indtil Christian Heinrich August Hardenberg-Reventlow i 1801 solgte Nybøllegaard til Frederik Wilhelm Rasmussen. Fire år efter sin overtagelse af Nybøllegaard solgte Frederik Wilhelm Rasmussen Nybøllegaard til forpagteren på Gelskov Niels Byskov, som blev efterfulgt af sønnen Frederik Byskov.
I løbet af 1800-tallet havde Nybøllegaard en række skiftende ejere. I midten af århundredet opførte Jørgen Andersen en ny hovedbygning.
Også i 1900-tallet har Nybøllegaard haft skiftende ejere, som dog har beholdt gården i længere ejerperioder.
Kulturmiljø
Haven rummer bl.a. en lille sø samt mange gamle træer.
Litteratur
Bülow, E.: Danmarks større gårde. Statistisk og historisk håndbog for det store og middelstore landbrug. 1961-1974.
Petersen, Steen Estvad: Danske herregårde. Bygninger - haver - landskaber. København 1980.
Trap, J.P.: Danmark, bind 5:2 - Svendborg Amt. København 1957.