Herregården blev oprettet i sidste halvdel af 1600-tallet.
Knudseje har været ejet af Otte Skeel, der oprettede stamhuset Birkelse.
Hovedbygning
Knudsejes hovedbygning brændte i 1710. Den daværende ejer Sophie Reedtz ansøgte Kronen om tilladelse til at tilbageholde skat og anvende midlerne til genopførelsen af hovedbygningen. Hun fik afslag på sin anmodning, men opførte alligevel den nuværende bygning.
Skeel lod opføre et tofløjet anlæg i en etage. Bygningerne blev opført i grundmur, og omkring år 1800 blev der opført endnu en vestlig fløj. Denne fritstående fløj spejler den ældre sidefløj mod øst, og sammen med Skeels anlæg danner den et trefløjet anlæg. Midt på hovedfløjen blev der opført en frontspids i to stokværk med fremspring mod nord.
Fredningsstatus 2013: Syd- og østfløjen er fredede. Fredningen omfatter endvidere belægningen mellem disse to fløje, en allé af lindetræer syd for hovedbygningen og en mur, der adskiller gårdsrummet mellem hovedbygning og avlsbygning.
Andre bygninger
Knudsejes avlsbygninger består af et imponerende trelænget anlæg, der åbner sig mod hovedbygningen. Det store anlæg blev opført i 1901.På avlsbygningen blev der opført et mindre spir.Den nordlige længe rummer en port, der giver adgang til gårdspladsen og hovedbygningen.
Fredningsstatus 2013: Avlsbygningerne er ikke fredede.
Ejerhistorie
Knudseje var en almindelig bondegård i 1500-tallet, hvor den tilhørte Kronen. I 1578 indgik gården imidlertid i et større mageskifte mellem Frederik II (1534-1588) og adelsmanden Peder Munk.
Munk havde som ung mand været tilknyttet Frederik II's hof, og i 1571 var han blevet udnævnt til medlem af rigsrådet. Senere blev han i 1588 medlem af den formynderregering, som varetog landets styring, indtil Christian IV (1577-1648) blev myndig,
Gården gled dog ud af slægtens eje, og i 1648 blev den ejet af Margrethe Ottesdatter Marsvin, der var enke efter rigsmarsken Jørgen Urne. Ægteparrets datter Dorte Urne solgte efter morens død Knudseje til Erik Nielsen Kaas. Kaas udvidede gårdens jordtilliggende gennem opkøb af bøndergods og sikrede Knudseje hovedgårdsprivilegier. Derved var gården, som alle andre herregårde på den tid, fritaget for at betale skat.
Erik Nielsen Kaas forsøgte at afhænde godset et par gange i 1660'erne. Begge gange blev skøderne udstedt, men begge handler gik siden tilbage igen. Imidlertid lykkedes det i 1675 at sælge gården til Eiler Eilersen Holm, der var ridefoged på Stensbæk. Holm beholdt dog kun gården i få år, idet han i 1577 solgte Knudseje til Otte Ottesen Skeel, der senere oprettede Stamhuset Birkelse. Skeel overdrog sammen med den nærliggende herregård Dybvad Knudseje til sin niece Ide Sophie Albretsdatter Skeel og hendes mand Christian Reedtz til livsvarigt brug.
Det fælles ejerskab af Dybvad og Knudseje forblev intakt længe efter ægteparrets død. Herregårdene havde således samme ejere frem til 1813, hvor de to gårde blev delt mellem to arvinger. Jens Jørgen Gleerup arvede Knudseje efter sin mor, mens hans bror Lauritz Gleerup fik Dybvad.
Knudseje blev i 1824 sat på auktion. Køberen var Carsten Andreas Færch, som bl.a. forsøgte sig med kartoffeldyrkning, hvilket var et nyt tiltag i Vendsyssel på daværende tidspunkt.
Knudseje blev dog tilbagekøbt af Gleerup-slægten i 1838, hvor Jørgen Gleerup - en søn af den føromtalte Lauritz Gleerup fra Dybvad herregård - erhvervede sig ejendommen. Efter Lauritz Gleerups død i 1854 drev hans enke Christianne Gleerup Knudseje videre, men hendes anden ægtemand solgte i 1875 gården.
Knudseje havde herefter en lang række skiftende ejere. I 1912 blev gården købt af Hjørring Amts Udstykningsforening, som udstykkede jorden til husmandsbrug, inden hovedparcellen blev videresolgt.
I 2013 var Knudseje ejet af Leif Stiholt.
Ejerrække
Kulturmiljø
Knudseje ligger i et kuperet og afvekslende terræn
Til Knudseje hører en stor sydvendt have, der er anlagt i forlængelse af hovedbygningen. Udenom er et større skovareal.
Litteratur
Petersen, Steen Estvad: Danske herregårde. Bygninger - haver - landskaber. København 1980.
Roussell, Aage (red.): Danske Slotte og Herregårde. København 1963-1968.
Trap, J.P.: Danmark. København 1953-1972.